Языки юга империи
Горные регионы, расположенные между реками Санта и Апуримак, были почти исключительно областью языков кечуа и аймара. На юге эти два языка или два лингвистических семейства «сосуществуют» со многими другими. Несмотря на то что инки говорили на кечуа и аймара, сохраняли они и свой собственный язык, который не пережил первых десятилетий колонизации, но оставил некоторые следы в лексике кусканского кечуа. Конкистадор Педро Писарро называет его «самым заумным из всех [языков Перу]», вероятно, намекая тем самым на то, что он был похож на два основных языка горной части Империи и был знаком разве что инкам, но не другим народам.
Также прописавшееся на юге могущественное племя колья, которое долгое время соперничало с инками, пользовалось языком пукина, который нам знаком лишь по нескольким письменным наставлениям новообращенных и спискам слов, позволяющих констатировать, что язык этот не был близок к аймара или кечуа. В XVI веке на пукина говорили на севере и востоке бассейна озера Титикака, в нескольких регионах современной Боливии, а также в зоне, тянувшейся примерно от Арекипы до Такны. Благодаря присутствию на столь обширной территории, пукина признавался испанскими колониальными властями четвертым «основным языком» Перу. Высказывалось предположение, что он мог быть языком Тиауанако.
На языке урукилья говорили в южной части верхнего плато, к югу от озера Титикака. В эпоху Испанского завоевания носители этого языка рассредоточились по всей западной части горного боливийского плато, от озера Титикака до провинции Липес. Зачастую, но не всегда, говорившие на этом языке отличались своим образом жизни от окружавших их пастушеских и земледельческих народов, которые пользовались аймара: они жили у озер, рыбача, охотясь или создавая изделия из тростника. В инкскую эпоху территории, занимаемые пукина и урукилья, выглядели едва сохранившимися островками на фоне господствовавшего в южных регионах языка аймара.
На крайнем юге Тауантинсуйу лингвистическая разнообразие возрастает. На атакаменьо (или кунса) говорили в регионе пустыни Атакама, а также, чуть севернее, вдоль русла рек Лоа и Саладо и на территориях, примыкающих к Аргентине. Вымер этот язык в конце XIX века. На северо-западе Аргентины наиболее распространенным языком был диагите или какан. На нем говорили в части современных провинций Кахамарка, Ла Рьоха, Сальта, Сантьяго-дель-Эстеро и Тукуман, а также на севере Чили, где он выступал в качестве языка-посредника между атакаменьо и мапуче. В провинциях Тукуман и Сантьяго-дель-Эстеро диагите «сосуществовал» с тонокоте. В этих регионах говорили и на других языках, так, например, знаменитая долина Умауака тоже имела собственный язык.